Şimdiye kadar minerallerin bileşimi, yapısı ve fiziksel özellikleri üzerinde durduğumuz halde nasıl oluştuklarına değinmedik. Magma (yüzeye ulaşan magmaya lav denir) olarak bilinen ergimiş kayaç malzemesinin soğuması mineral oluşumunu açıklayan bir olgudur. Magma ya da lav soğuduğunda mineraller kristallenip gelişerek bazalt (ferromagnezyen silikatlarca zengin) ve granit (ferromagnezyen olmayan silikatlarca zengin) gibi çeşitli magmatik kayaçların mineral bileşimini belirler. Magmadan gelen sıcak sulu çözeltiler genelde yan kayaçlardaki çatlaklar ve boşlukları kaplayarak bu çözeltilerden bir kısmında ekonomik öneme sahip değişik mineraller kristallenir.
Mineraller ayrıca sıcak kaynaklardaki sular soğuduğunda ve sıcak, mineralce zengin sular siyah bacalar olarak bilinen sıcak kaynaklardan deniz tabanına boşaldığında da oluşurlar.
Deniz suyunda, daha nadir olarak göl suyunda bulunan çözülmüş malzemeler, su buharlaştığında bileşik yaparak halit (NaCl), jips ( CaSO4x2H2O) ve diğer birkaç minerali meydana getirirler. Her ikisi de kalsiyum karbonat (CaCO3) çeşidi olan aragonit ve / veya kalsit, buharlaşan sulardan da oluşmakla birlikte midyeler, istiridyeler, mercanlar ve yüzen mikroorganizmalar gibi organizmaların kavkılarını oluşturmak için bu bileşiği kullandıklarında da oluşurlar.
Bir kaç bitki ve hayvan dış iskeletlerinde kullandıkları silisyum dioksit (SiO2), canlılar öldüklerinde deniz tabanında mineral olarak birikirler.
Bazı kil mineralleri ise kimyasal süreçler feldispatlar gibi öteki mineralleri bileşim ve yapısal açıdan değişikliğe uğrattığında oluşurken diğerleri de kayaçların metamorfizma ile değişmesiyle ortaya çıkar.
Gerçekte metamorfizmaya neden olan ısı, basınç ve kimyasal olarak etkin sıvılar birçok mineralin oluşmasına yol açar. Volkanik bacalarda hidrojen sülfür (H2S) ve kükürt dioksit (SO2) gibi gazlar tepkimeye girerek kükürt ortaya çıkardığında bile birkaç mineral oluşur.
Yerkabuğunda en yaygın bulunan minerallerin silikat mineralleri olduğunu vurgulamıştık. Bu sebeple çoğu kayaç bu minerallerden meydana gelmiştir. Gerçekten de feldispat mineralleri (plajiyoklaz feldispatlar ve potasyum feldispatlar) ve kuvars, yerkabuğunun %60’tan daha fazlasını oluşturur. Yüzlerce silikat mineralleri arasında birçoğu tali mineral olarak bulurken yalnızca birkaçı kayaçlarda çok yaygındır.
Silikat olmayan en yaygın kayaç oluşturan mineraller, karbonat olan kalsit (CaCO3) ve dolomit (CaMg(CO3)2) sırasıyla kireçtaşı ve dolotaşı çökel kayaçlarının ana bileşenleridir. Sülfatlar ve halitler arasında ise jips kayacında jips (CaSO4x2H2O) ve kaya tuzundaki halit (NaCl), kayaç oluşturma niteliğine sahiptir. Bu mineraller ve oluşturdukları kayaçlar bazı alanlarda yaygın olsa da kayaç oluşturan silikat ve karbonat minerallerine göre daha az rastlanır.